空间转录组学 AI 分析:工具与工作流

2026/03/19

为什么用 AI Agent 做空间转录组分析?

空间转录组学是基因组学中增长最快的领域之一。10x Visium、Xenium、MERFISH、Slide-seq 等技术产生的数据结合了基因表达和空间位置——但分析需要串联多个专业工具。

AI Agent 能通过自然语言编排这些工具,跨会话记住你的数据和偏好。

可用的 AI 工具

OmicsClaw — 15 个空间技能 + 记忆系统

技能功能
spatial-preprocessingQC、归一化、聚类
spatial-domain-identification组织区域鉴定(SpaGCN、STAGATE、BANKSY)
spatial-deconvolution细胞类型反卷积(Cell2location、RCTD)
spatial-svg-detection空间可变基因(Moran's I、SpatialDE)
spatial-cell-communication配体-受体互作(LIANA+、CellPhoneDB)
spatial-velocityRNA 速率(scVelo)

核心优势:记忆。 周一上传 Visium 数据,周三回来继续分析,OmicsClaw 记得一切。

K-Dense 和 LabClaw

K-Dense 提供 170+ 科学技能连接 250+ 数据库。LabClaw 包含 86 个生物技能含空间分析。

示例:完整空间分析流水线

第 1 次会话:
你:[上传 visium_brain.h5ad]
你:"预处理这个 Visium 数据"
Bot:运行 QC、归一化、聚类...
     5,000 spots,18,500 HVGs,12 个聚类。

你:"找空间 domain"
Bot:运行 SpaGCN 和 STAGATE...
     鉴定出 8 个空间域。

第 2 次会话(第二天):
你:"domain 3 里有什么空间可变基因?"
Bot:使用昨天的数据(5,000 spots,8 个域)。
     前 10 个 SVG:GFAP (p=1.2e-15)...

如何开始

git clone https://github.com/TianGzlab/OmicsClaw.git
cd OmicsClaw && pip install -e ".[spatial]"

准备 .h5ad 文件,开始和数据对话。

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