为什么用 AI Agent 做空间转录组分析?
空间转录组学是基因组学中增长最快的领域之一。10x Visium、Xenium、MERFISH、Slide-seq 等技术产生的数据结合了基因表达和空间位置——但分析需要串联多个专业工具。
AI Agent 能通过自然语言编排这些工具,跨会话记住你的数据和偏好。
可用的 AI 工具
OmicsClaw — 15 个空间技能 + 记忆系统
| 技能 | 功能 |
|---|---|
spatial-preprocessing | QC、归一化、聚类 |
spatial-domain-identification | 组织区域鉴定(SpaGCN、STAGATE、BANKSY) |
spatial-deconvolution | 细胞类型反卷积(Cell2location、RCTD) |
spatial-svg-detection | 空间可变基因(Moran's I、SpatialDE) |
spatial-cell-communication | 配体-受体互作(LIANA+、CellPhoneDB) |
spatial-velocity | RNA 速率(scVelo) |
核心优势:记忆。 周一上传 Visium 数据,周三回来继续分析,OmicsClaw 记得一切。
K-Dense 和 LabClaw
K-Dense 提供 170+ 科学技能连接 250+ 数据库。LabClaw 包含 86 个生物技能含空间分析。
示例:完整空间分析流水线
第 1 次会话:
你:[上传 visium_brain.h5ad]
你:"预处理这个 Visium 数据"
Bot:运行 QC、归一化、聚类...
5,000 spots,18,500 HVGs,12 个聚类。
你:"找空间 domain"
Bot:运行 SpaGCN 和 STAGATE...
鉴定出 8 个空间域。
第 2 次会话(第二天):
你:"domain 3 里有什么空间可变基因?"
Bot:使用昨天的数据(5,000 spots,8 个域)。
前 10 个 SVG:GFAP (p=1.2e-15)...如何开始
git clone https://github.com/TianGzlab/OmicsClaw.git
cd OmicsClaw && pip install -e ".[spatial]"准备 .h5ad 文件,开始和数据对话。
