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BioClaw 入门指南：在 WhatsApp 里跑生物信息学分析

2026/03/19

BioClaw 是什么？

BioClaw 把计算生物学搬到了聊天软件里。不用 SSH 登录服务器、不用打开 Jupyter、不用记命令行参数——在 WhatsApp 群聊里用自然语言描述需求，BioClaw 就能完成分析。

基于 NanoClaw 容器架构，集成 STELLA（Princeton/Stanford/UCLA）项目的生物医学工具，BioClaw 在 Docker 中封装了完整的计算环境，通过 Claude Agent SDK 对外提供服务。

能做什么？

BioClaw 预装了丰富的工具：

命令行工具：BLAST+、SAMtools、BEDTools、BWA、minimap2、FastQC、MultiQC、seqtk、fastp、bcftools、PyMOL、salmon、kallisto 等。

Python 库：BioPython、pandas、NumPy、SciPy、matplotlib、seaborn、scikit-learn、RDKit、PyDESeq2、scanpy、pysam。

全部通过自然语言调用，无需记忆任何命令。

快速开始

环境要求

  • macOS 或 Linux（Windows 用户请参考 WSL2 指南）
  • Node.js 20+
  • Docker Desktop（需运行中）
  • Anthropic API Key 或 OpenRouter API Key

安装

git clone https://github.com/Runchuan-BU/BioClaw.git
cd BioClaw
npm install
npm start

首次启动时终端会显示二维码，用 WhatsApp 扫码连接。认证信息保存在 store/auth/ 目录。

模型配置

在项目根目录创建 .env 文件，选择一种提供方：

方案 A：Anthropic（默认）

ANTHROPIC_API_KEY=your_anthropic_key

方案 B：OpenRouter（支持 Gemini、DeepSeek、Claude、GPT）

MODEL_PROVIDER=openrouter
OPENROUTER_API_KEY=sk-or-v1-your-key
OPENROUTER_BASE_URL=https://openrouter.ai/api/v1
OPENROUTER_MODEL=deepseek/deepseek-chat-v3.1

常用模型：deepseek/deepseek-chat-v3.1、google/gemini-2.5-flash、anthropic/claude-3.5-sonnet。请确保模型支持 tool calling。

支持的频道

  • WhatsApp — 默认，扫码认证
  • 企业微信 — API 机器人模式，长连接
  • Discord — 标准 Bot
  • 本地网页 — 设置 ENABLE_WHATSAPP=false 和 ENABLE_LOCAL_WEB=true，访问 http://127.0.0.1:3210

示例任务

BioClaw 运行后，在群聊中发送以下消息即可体验：

1. 工作区预览

@Bioclaw In /workspace/group/4, list the files and recommend the best next analysis steps. Keep it short (max 8 bullets) and ask me 1 question to proceed.

工作区预览

2. FastQC 质控

@Bioclaw Make a quick QC summary from /workspace/group/reads_R1.fastq.gz and /workspace/group/reads_R2.fastq.gz (FastQC). Send me the key findings in bullets and also send the FastQC report image(s) to WhatsApp.

FastQC 质控

3. BLAST 序列比对

@Bioclaw BLAST this sequence against nr (protein). Tell me the top 5 hits with species, % identity, e-value, and a one-line interpretation:
>query
MSTNPKPQRKTKRNTNRRPQDVKFPGG...

BLAST 比对

4. 火山图

@Bioclaw Create a simple volcano plot from /workspace/group/counts.csv (assume columns: gene, log2FC, pvalue). Use readable labels, export a PNG, and send the plot image to WhatsApp with a 2-sentence takeaway.

火山图

5. 蛋白质结构渲染

@Bioclaw Render the structure of PDB 1UBQ in rainbow colors, generate a high-resolution image, and send it to WhatsApp. Then give me 3 bullets describing what I'm looking at.

蛋白质结构渲染

6. PubMed 文献检索

@Bioclaw Search PubMed for recent papers about ADHD published in high-impact journals and summarize the top three. For each paper: citation, why it matters, and 1 limitation.

PubMed 文献检索

系统架构

聊天平台 → Node.js 编排器 → SQLite 状态 → Docker 容器 → Agent + 生物工具

BioClaw 采用容器化架构：每个会话在隔离的 Docker 容器中运行，预装完整的生信工具箱。Node.js 编排器负责消息路由、会话状态（SQLite）和容器生命周期管理。

引用

如果你在研究中使用了 BioClaw，请引用 STELLA 论文：

@article{jin2025stella,
  title={STELLA: Towards a Biomedical World Model with Self-Evolving Multimodal Agents},
  author={Jin, Ruofan and Xu, Mingyang and ...},
  journal={bioRxiv},
  year={2025},
  doi={10.1101/2025.07.01.662467}
}

相关链接

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